公元1351年，劉福通和韓山童乘着大量百姓被徵發修黃河堤的機會聚衆造反，儘管韓山童馬上就被抓補並處死。但起義的浪潮已經無法逆轉，南方的百姓很多都參加了起義。劉福通擁立韓山童的兒子韓林兒爲皇帝，並攻佔了開封，佔領了河南爲根據地，建立了“宋”（劉福通的意思就是恢復宋朝的國號）。
元朝政府見劉福通竟然如此的放肆，便集中了所有的兵力圍剿“宋”。這也給了在其它地方率部起義的人一個大好的機會，在這些人裏面，有點名氣的有陳友諒、張士誠、朱元璋。當然笑到最後的就是明太祖朱元璋了。當元廷消滅“宋”後，卻發現在它的南方有一個更厲害的對手大明！
公元1367年，朱元璋收拾完江南地區的割據勢力後，宣佈北伐。朱元璋對此進行了精心的部署和嚴密的分析，在徵求了將領們的意見後。朱元璋制定了穩紮穩打，漸次推進的北伐戰略。具體的實施爲先派兵拿下山東，再打河南，接着打下潼關後嚴防死守，防止關中的元軍反撲。在鞏固了上述的這些地方後，再發動對大都的進攻，到那時大都就是一座孤城，元軍就是有天大的本事恐怕也守不住。
在朱元璋的設想下，明軍隨即便發動了對蒙古軍的進攻。首先出動的是號稱明朝第一將的徐達，以及行軍神速的常遇春，他們二人統率了25萬明軍，由江南北上。明軍所到之處秋毫無犯，百姓們多爲漢人，本身就反感蒙古貴族的統治，看見自己民族的軍隊到來，百姓們都是紛紛支持。北伐軍很輕鬆的便拿下了江淮一帶。徐達留下少數人守護淮南後又繼續率主力北進，在山東和元軍發生了激烈的交戰，但此時的蒙古人已經威風不在了，長年的享樂讓他們忘記了騎馬和射箭。如此的蒙古人，還有什麼好畏懼的？元軍在零零散散的抵抗了四個多月後便被明軍給轟到了河北，山東被攻克。徐達派少部分人監視元軍後，又率主力揮軍西向，進攻河南。與徐達進攻的同時，明軍另一員大將鄧愈也率軍從襄陽出發，攻打豫南重鎮南陽，以策應徐達的主力部隊的作戰。
面對明軍的夾攻，河南的元軍兵力明顯不足，汴梁、洛陽等重鎮先後丟失，元軍慌忙間全部撤到了關中，走的匆忙，連留軍守潼關都忘記了，結果這也給了明軍一個大便宜，兵不血仞的就拿下了潼關，朱元璋的北伐設想很輕鬆的便完成了第一階段的任務。
另一方面，元廷見黃河以南都丟給了明軍，順帝嚇了個半死，此時的大都已經就在明軍的攻擊範圍內，而且河北都是大平原，無險可守，陝西的元軍又無法支援自己，看來自己的好日子估計也要到頭了。雖然元廷派出了王寶寶和徐達決戰，但王寶寶和鎮守陝西的元將李思齊有矛盾，結果兩個人只顧內鬨，儘管王寶寶最後把李思齊打服了，但河南已失，王寶寶只能率部退到山西，堅守太原。對大都也無能爲力了。
不久後，徐達率軍由山東北上，明軍除了留馮勝鎮守汴梁，何文輝守洛陽，郭興守潼關外，其餘人馬都隨徐達攻打大都。明軍主力渡過黃河後，一路勢如破竹，銳不可擋，沿途的元軍降的降，逃的逃，最後連元順帝也逃跑了。大都不戰而得，明軍進佔大都，元朝在中國的統治歷史由此劃上了一個句號，此後的時間裏正式進入了大明時刻。
順帝逃跑後，元軍散落在中原的各武裝集團頓時陷入了羣龍無首的境地。朱元璋瞧準了這個機會，下令讓徐達乘勢攻打山西。將王寶寶也趕出中原。同時，又命馮勝和湯和由河南渡河到山西，從南面策應徐達的進攻。王寶寶和徐達在山西兜了幾個圈，最後還是敗給了明軍。20萬元軍的精銳全軍覆沒，山西也被攻克。王寶寶率部退到了關外，中原一帶只剩下了盤據在陝甘方面的李思齊和張思道的武裝力量了。不過這兩個人比較滑頭，他們都是漢人，對蒙古也沒有什麼感情，不像王寶寶那樣肯賣命。於是陝西的元軍在作了象徵性的抵抗後便全部徼械投降了。王寶寶退到了甘肅後又組織了力量對明軍反撲，可最後還是被打敗。甘陝一帶被明軍攻克，在中原北方，元朝的統治徹底劃上了句號。
明軍的北伐歷時不到一年，是中國古代唯一的一次由南向北進攻取得完勝的戰例。縱觀整個戰鬥過程，首先是朱元璋的正確設想給明軍作戰打下了一個堅實的平臺。其次以徐達爲首的將領們臨場的指揮是勝利的關鍵，元軍不是沒有將才，可惜他們生不逢時。再次，明軍的戰鬥力是勝利的.根本。想當年元軍滅宋花了近50年，而在不到一百年後，明軍僅用了不到一年的時間又把蒙古人給趕回了大漠，天意弄人。世界上沒有永遠不敗的人。
當明軍隆重的進入大都城時，曾經風光無比的元順帝卻只能灰溜溜的逃往草原，躲進了荒涼的上都。順帝和他的那幫飯桶們搭了個帳篷又恢復了大元的國號，這個政權在中國歷史上被稱爲“北元”。明軍與蒙古人的鬥爭依然在繼續。蒙古人好鬥的血性使他們不甘心失敗，順帝也在經常思念自己在大都的快活日子。不過作爲另一方，朱元璋也不想給蒙古人好日子過，明軍和元軍的新一輪爭奪開始了。
在明朝建立的初期，元軍的勢力還是很強的，除了被徐達打趴的王寶寶外，在遼東地區還有北元丞相納哈出統帥的二十餘萬人。在雲南，也有近十萬的元軍。此外，一些小的投機民族，比如高麗、畏冗兒等依然支持北元和明朝對抗。朱元璋和明王朝的日子依然很難過，不過朱元璋不是一個窩榻之側讓他們酣睡的人。
公元1369年，北元軍曾多次攻打通州，希望能重新奪回大都。結果此舉惹惱了明軍，朱元璋下令大都的明軍繼續北伐。元軍沒想到明軍還敢出關作戰，各部都沒有準備，大將李文忠輕鬆的便拿下了上都。順帝慌忙間只得帶着老婆孩子再次逃亡，這次跑的更遠，內蒙古的應昌，徹底的大漠草原。第二年春，逃到甘肅腹地的王寶寶糾集了殘餘部隊近10萬人，主動找明軍打，被徐達打的大敗，所部的八萬六千多官兵全部被俘虜，只有王寶寶帶着老婆和孩子靠着一根大木頭劃過了黃河，這纔沒有被徐達活捉。
聞知王寶寶慘敗的消息，本來就經不住打擊的順帝也是一病不起，最後死在了荒涼的應昌，至死都沒有能再回到他的大都。順帝死後不久，明軍便包圍了應昌，蒙古軍僅抵抗了一天就告失守。北元朝廷所屬的諸侯王、官吏都被俘虜，連順帝的孫子買的裏八刺也被明軍捉住，拿送京師。只有順帝的兒子愛酞識理達臘跑的快，帶着幾個隨從逃到了和林，同另一個被追殺的倒黴蛋王寶寶會合。王寶寶和其它人一起擁立愛酞識理達臘繼位，組建新朝廷繼續和明軍對抗。
兩年後，朱元璋錯誤的估計了北元的實力。集中了十五萬人，準備一戰定勝負。明由李文忠、徐達、馮勝率領，分東西中三路進攻北元。其中東路軍由李文忠統帥，在追擊元軍的過程中遭到伏擊，不過李文忠所部的戰鬥力強悍，將伏軍打退，隨後又率部追擊，再次遭到北元軍的頑強。明軍連續作戰也使自己損失過大，最後只能班師回朝，東路軍撤回關內。另外中路軍方面情況也不好，徐達雖然在初期打敗了王寶寶，但獲勝後卻犯了輕敵的大忌，被王寶寶又伏擊了一次，明軍死亡萬餘人，徐達收籠餘部且戰且退，回到了關內。三路軍中，只有西路軍取得了大劫，傅友德率部在甘肅七戰七捷，取得了一定的勝利。不過西路軍在設想之初只是側應部隊，擔任主攻的東、中兩路軍都遭到重創，這次北伐基本可以看爲失敗的一次行動。此次進攻後，朱元璋熟悉了北元的實力，暫停了對北元的主動進攻。這樣便給了北元暫時喘息的機會，蒙古人經過修整後又發動了對中原的攻擊，雙方在邊境的衝突磨擦不斷，明軍據點守護北元也佔不到什麼便宜。不九，王寶寶病死，北元最後一個能打的人也走了，這對實力、人才本來就緊缺的北元來說無疑是斧底抽薪。
5年後，明軍經過調整，大將徐達率部北上，擊敗了北元脫火赤部的進攻，接着沒有停頓又繼續進攻，俘虜了元將亦集乃。第二年，徐達再率明軍，擊敗了乃兒不花的進攻。同年，明軍對南方元軍的進攻正在醞釀之中，傅友德和沐英率軍翻越雲貴高原，主力集結至滇東，元軍也組織了十萬人馬，雙方在白馬池大戰。元軍抵擋不住，全線潰敗，十萬人馬全部被打散，明軍包圍昆明城。樑王把匝剌瓦爾帶着老婆孩子見無路可逃，便投滇池自殺。雲南被明軍攻克。明王朝的版圖基本確立下來。
從公元1368年明軍佔據大都，至1381年攻克雲南，明朝與北元之間的關係一直是又打又拉。朱元璋自從征討受挫後便改變了對北元的戰略方針，不僅放緩了對蒙古的進攻，而且還用利益收買蒙古人，以削弱蒙古的抵抗意志。此外，朱元璋還善待了被俘的北元皇孫脫古思帖木兒，並把他放回去，讓他勸說北元皇帝，也就是他的爸爸愛猷識理達臘歸順大明。可是脫古思帖木兒回去後並沒有照作，1378年愛猷識理達臘病死，脫古思繼任北元皇帝，率部繼續同明朝對抗，屬於典型的死硬分子。
對此，朱元璋也失去了耐性。加上明軍的實力有所恢復，於是新一輪的進攻開始。大將藍玉擔當了明軍的主將，明軍的目標直指盤據在遼東的北元丞相納哈出。納哈出擁兵二十餘萬，在東北就是一個土皇帝，而且他所部的元軍始終沒有受到過打擊，屬於元軍中的精銳部隊。明軍此次的目標就是遼東，將哈納斯一舉消滅，翦除帖木爾的左翼。
公元1387年，二十萬明軍遠征遼東。由於遼東地處高寒地區，環境惡劣。明軍便採取了步步爲營的策略，並在沿途修築城池，存積糧草，以其爲根據地。隨後大軍直趨金山，乘着風雪將納哈出所部包圍。藍玉派人同納哈出交涉，勸他投降。納哈出見情況對自己不利，再加上部將的勸說，最後只好率部投降。二十萬元軍的精銳全部作了明軍的俘虜，遼東一舉被明軍攻克，這也是自石敬塘出賣幽雲十六州後，漢人第一次將東北劃到自己的版圖。收附納哈出後，藍玉又率部西進，攻打北元的王庭。而對此，北元方面也有所準備，他們收拾行裝後先北逃亡，躲到了很偏遠的地區，準備乘明軍缺糧撤退時再一舉反撲。
明軍在藍玉的率領長途跋涉，尋找元軍。半年之後，意外的來到了捕魚兒海附近，遭遇元軍。明軍爲此受了半年的磨難，此時已經沒有對付納哈出的那種閒心，明軍一路追擊，終於在現在俄羅斯境內的貝爾加湖將北元的王庭追上。一頓暴揍，脫古思帖木兒準備不足，因爲他以爲明軍已經撤走了，結果明軍竟然鑽到他的家裏來了。憤怒的明軍在風沙的掩護下對北元進行了攻擊，元軍被打的挫手不及。脫古思帖木兒騎着跑的快，而北元自王寶寶之後最能打的蠻子（人名）則在亂軍中被殺死。北元方面死傷慘重，脫古思帖木兒的二兒子地保奴以及他的嬪妃公主一百多，北元官員三千多人，外加七萬七千多老百姓和十五萬多頭牲畜全部作了明軍的戰利品，此外元朝使用了一百多年的皇帝玉璽也被明軍繳獲。北元經此一戰，徹底被打癱瘓。脫古思帖木兒帶着太子天保奴和丞相失烈門逃到土剌河時被蒙古另外
一支部落的首領也速迭兒殺死。當年成吉思汗黃金家族統治蒙古的歷史至此結束。
捕魚兒海一役後，北元受了內傷，再也無力南下進行掠奪。不過此戰後，朱元璋也沒有再組織大規模的討伐，除了朱棣北伐兩次之外，明軍再無大動作。畢竟像蒙古這樣的民族，如果靠硬打是很難征服他們的。而且當這些蒙古人一旦回到草原後，惡劣的生活環境也必定使他們恢復剽悍的素質。而草原又大，明軍根本無法在這麼大的地域裏面隨心所欲的作戰，後勤補給就是一個大問題。而且中原地區的士兵又不習慣草原的生活，要想在草原設立長期的居住點顯然不可能。於是在朱元璋晚年，明朝採用了守備的策略，繼續對付元軍。
這些策略中，首先就是修長城。明長城從遼東一直修到嘉裕關。連綿萬里，其中宣化、大同之南還修築了內長城，是一道防禦蒙古人的屏障。其次就是設立羈縻衛所，讓蒙古人自己管理自己，定期向中央進貢。第三，在邊境設置軍事重鎮，並派駐重兵守護。其中最大的兩個官職爲宣大總督和薊遼總督。在明初，朱元璋派自己的兒子統兵駐紮在草原的邊緣附近，長年保持對蒙古的打擊態勢。這些措施保證了明初時期中原的安定與繁榮。
